A nível mundial, a Igreja de Scientology está estruturada em diferentes igrejas, com diversos nomes de acordo com o seu estatuto e tamanho.
No nível mais baixo
No nível seguinte há as igrejas de Scientology. Estas podem preparar e ordenar ministros e ministram audição até ao nível de Clear.
Acima destas estão as igrejas avançadas. Estas treinam os ministros do nível mais alto e ministram aconselhamento pastoral de alguns dos níveis de Thetan Operante.
A Organização de Serviço de Flag da Igreja de Scientology, em Clearwater, Florida, é a de mais alto nível de todas as organizações avançadas. Ela treina pessoas nos mais altos níveis ministeriais e os scientologists vão lá para ascender a níveis elevados de OT.
Um caso especial é a Igreja de Scientology sediada no Freewinds, um navio que opera nas ilhas das Caraíbas, que ministra um nível de OT específico que não pode ser recebido em nenhuma outra igreja.
Este tipo de estrutura de serviços religiosos é comum a praticamente todas as religiões conhecidas, na medida em que os diferentes níveis de preparação do clero não são acessíveis em todos os centros, mas apenas nas instituições centrais (Roma, Tibete, Telavive e Meca). É aí que os missionários, os monges ou os sacerdotes podem receber a ordenação do mais alto nível.
Em relação à comunidade religiosa de Scientology, eles formam uma verdadeira comunidade de ministros e religiosos, que vivem em comunidade, com total dedicação aos propósitos da Igreja e com abandono de interrupções mundanas e futilidades.
A Organização do Mar, que recebeu o nome da tripulação original que guarneceu os navios comandados pelo seu fundador nos primeiros tempos, tem
É claro que a formação de ministros dos níveis mais altos, a audição até aos níveis mais altos de Thetan Operante, o ministério dos níveis mais altos de organização e a responsabilidade pelo nível de ética de Scientology a nível internacional estão apenas nas mãos dos membros da ordem religiosa chamada Organização do Mar, que se dedicam exclusivamente a este trabalho.